Kegiatan keagamaan di MIN 1 Kebumen bertujuan untuk mendekatkan diri kepada Tuhan. Beberapa kegiatan keagamaan yang dilaksanakan adalah : Shalat Dzuhur berjamaah, Shalat Dhuha, Tadarus Al-Qur’an, Membaca Asma Al-Husna, Pembinaan Baca Tulis Al-Qur’an melalui RTQ (Roudotu Tarbiyati Quran), Mujahadah, Gerakan Infaq, Peringatan Hari Besar Islam, Pesantren Ramadhan dll. Kegiatan keagamaan memiliki beberapa manfaat, di antaranya membangun kepribadian yang baik, membiasakan perilaku religius, menuntun untuk bertindak sesuai moral dan etika, membangun kehidupan beragama yang berkualitas dan menciptakan suasana Islami.
